白蓮教徒接下滿清大臣納蘭元述(甄子丹)所下的對付革命黨人的命令后,在廣州街頭借“扶清滅洋”的口號大肆搗亂洋人的使館、教堂等地盤,甚至連小學(xué)生也不放過,他們的舉動令黃飛鴻(李連杰)、十三姨(關(guān)之琳)與梁寬(莫少聰)異常氣憤。在某個醫(yī)學(xué)會議上,黃飛鴻與革命黨領(lǐng)袖孫文(張鐵林)一見如故,發(fā)現(xiàn)革命黨人對救國更具遠(yuǎn)見時,他決定幫助革命黨人逃過厄運。隨后,他直搗白蓮教總壇決勝九宮真人,揭開迷信假像,又因奮慨國運衰竭民智末開,不惜與納蘭元述決一死戰(zhàn)。