自己的陽(yáng)臺(tái)欄桿上出現(xiàn)了像被單一樣掛在上面的少女,這種非現(xiàn)實(shí)的情節(jié)出現(xiàn)在了上條當(dāng)麻的眼前。雖然在這個(gè)城市——最先進(jìn)科學(xué)引導(dǎo)的學(xué)院都市中,超能力已經(jīng)可以通過科學(xué)技術(shù)創(chuàng)造出來(lái),但是眼前這位自稱“茵蒂克絲”的少女還是把上條當(dāng)麻嚇了一條。茵蒂克絲自稱因擁有十萬(wàn)三千本魔導(dǎo)書而被魔法師追殺,而上條當(dāng)麻靠自己的超能力也認(rèn)定了少女的魔法。少女以危險(xiǎn)為由離開上條家,上條如往日一般去學(xué)校學(xué)習(xí),但放學(xué)回家,卻發(fā)現(xiàn)茵蒂克絲倒在血泊之中。在科學(xué)與魔術(shù)交叉的世界中,上條當(dāng)麻與茵蒂克絲的故事開始了。